新たに鎮守府に着任した駆逐艦の吹雪は空母・赤城の巧みな戦いを見て憧れを抱き、赤城の護衛艦になれるよう努力することを決意する。
多くの艦娘が遠征している最中、手薄になった鎮守府が敵の強襲を受けて壊滅してしまう。
鎮守府に戻った吹雪は、行方不明になった提督が残した命令「改になれ」を遂行するべく訓練に励んだ。
提督不在のまま遂行される「MI作戦」の準備期間中、赤城は自分たちが轟沈してしまう悪夢に何度も悩まされ、同時に自分たちが何か目に見えない力に動かされているような違和感を抱いていた。
夢と同じような事態にならないよう作戦に臨む艦隊だったが、赤城の懸念は現実のものとなり空母機動部隊はほぼ壊滅状態に陥った。
その時、改装を施された吹雪が現れたことにより事態は好転する。
提督の帰還に始まり支援部隊の到着、新型艦船の活躍によりMI作戦は成功に終わったのだった。